В 1С механизм работы с ЭЦП предусмотрен. На этапе внедрения будет определена логика и права доступа, необходимые для работы различных специалистов, после чего под вашу задачу будет запрограммирован функционал использования ЭЦП, в том числе учета, замены, распределения прав.